·实验研究·

重金属宫内暴露对胎儿DNMT3B基因甲基化的影响

杨文蕾 倪文丽 田甜 于锦慧 靳蕾 任爱国 王琳琳

【摘要】 目的 分析胎儿宫内暴露重金属与脐带血中DNA甲基转移酶3B(DNMT3B)基因甲基化的关系。 方法 本研究基于在山西开展的病例对照研究,共纳入173例无重大体表出生缺陷胎儿。采用电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)仪检测脐带组织中砷(As)、铅(Pb)、镉(Cd)、镍(Ni)四种重金属的含量,采用MassARRAY时间飞行质谱阵列基因分析平台检测脐带血中DNMT3B的甲基化水平。运用多重线性回归模型分析重金属暴露对DNMT3B甲基化的影响。 结果 脐带组织中砷、铅、镉、镍含量中位值及四分位间距分别为7.66 (5.24-10.30) ng/g、23.91 (16.74-44.29) ng/g、0.95 (0.47-2.71) ng/g、21.42 (15.61-32.2) ng/g。脐带血中DNMT3B基因甲基化水平为(7.38±2.66)%。脐带组织镉对DNMT3B甲基化水平有影响(β=0.74, P=0.03),镉与砷、铅、镍对DNMT3B甲基化水平的影响均无交互作用。 结论 脐带组织重金属暴露会影响胎儿DNMT3B的甲基化水平。

【关键词】 重金属; 脐带; 甲基化; DNMT3B

近年来,由于工业化和城市化的快速发展,大量的重金属进入水体及其他环境系统中,长期存在于环境中,并通过食物、污水和空气等进入人体且不断蓄积,直接危害人体健康[1]。砷(As)、铅(Pb)、镉(Cd)、镍(Ni)是已知的有毒重金属,具有一定的生殖毒性,且能通过胎盘屏障[2, 3]。动物实验研究发现,砷、铅、镉、镍暴露会影响胚胎的正常发育及后代的生长[4, 5]。然而,其致畸作用的机制尚不清楚。

目前,越来越多的研究聚焦于环境暴露引起的表观遗传学改变[6]。表观遗传学是指在不改变DNA序列的前提下,基因表达发生的可遗传的变化,被认为是环境暴露和疾病发生发展之间的机制桥梁[7, 8]。其中,DNA甲基化是研究最广泛的机制之一,是指在DNA甲基转移酶(DNA Methyltransferase, DNMT)的催化下,将S-腺苷甲硫氨酸提供的甲基添加到DNA分子上[9]。流行病学研究发现,母亲砷、铅、镉、镍暴露会引起胎儿脐带血中整体[10]及特异基因甲基化水平的改变,包括砷甲基转移酶基因(As3MT)[11]、印迹基因(H19、HSD11B2、PEG10、MEG3)[12, 13]DNMT3B基因[14]等。但大部分研究采集母亲外周血、尿、指甲等生物标本进行重金属暴露测量,鲜有研究使用脐带组织测量重金属含量。脐带作为胎儿身体的一部分,测量其污染物浓度,能更好地评估胎儿体内污染物的真实暴露水平。为探讨一般人群中重金属含量与DNA甲基化水平的关系,本研究纳入173例无重大体表出生缺陷胎儿,测量其脐带组织砷、铅、镉、镍金属含量,及脐带血中DNMT3B基因甲基化水平,探索胎儿重金属内暴露对DNA甲基化水平的影响,为重金属的致畸作用机制研究提供依据。

对象及方法

一、研究对象

本研究为横断面研究。研究对象来自北京大学生育健康研究所于2003年1月至2016年12月在山西省太谷县、平定县、昔阳县、寿阳县、泽州县、太原市和长治市开展的病例对照研究。研究对象纳入标准为:(1)无重大体表出生缺陷的正常胎儿或新生儿;(2)母亲为山西省常住居民(在本地居住2年以上),且本次妊娠期间在本地居住;(3)同意参加研究并签署书面知情同意书。本研究通过北京大学生物医学伦理委员会审批。

二、方法

1. 问卷调查及标本采集:对调查员进行统一规范的培训,在终止妊娠或分娩前后,采用结构式问卷对研究对象的母亲进行面对面调查。调查内容包括母亲基本人口学特征、生活方式、孕期饮食情况、环境污染物暴露情况等。胎儿娩出时,现场采集5~10 cm脐带组织、脐带血等标本,并用干冰转运至实验室。脐带组织保存在-20℃冰箱,脐带血以纸血片或血细胞方式分别保存于-20℃、-80℃冰箱。

2. 脐带组织重金属含量检测:分离2g左右的湿重脐带,用钛合金剪刀将脐带血管剪开,超纯水清洗后放入真空冷冻干燥机,冻干至约0.2g。在高压微波消解仪(Ultra WAVE, Milestone, Italy)中用3 mL硝酸溶液和0.5 mL双氧水消化冻干脐带。处理1h后,从石英消解管中取1ml样本加入到EP管中,超纯水稀释至2ml。使用电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)检测并得到结果。每批次检测同时制备2份猪肝标准品(GBW 10051),对每20个脐带样品进行质控。砷、铅、镉、镍的检出限分别0.011 ng/mL、0.002 ng/mL、0.001 ng/mL、0.016 ng/mL。所有样本的重金属含量均高于检出限。

3. 脐带血DNA提取:用DNA提取试剂盒(QIAamp DNA Mini Kit),按照试剂盒说明书提取脐带血中的DNA,使用NanoDrop分光光度计对DNA样本的浓度及纯度进行测定,并置于-80°C冰箱保存。

4. 脐带血DNMT3B基因甲基化水平检测:选取DNMT3B基因甲基化岛区域为目标区域,使用EpiDesigner网站(http://www.epidesigner.com/),在线设计PCR引物,PCR引物共覆盖24个CpG位点,剔除3个位点不可分析,共21个可分析位点。正向引物为5′-aggaagagag-GGGTTTTTAGGGGTTTTTTTTG-3′,反向引物为5′-agtaatacgactcactatagggagaaggct-CCCCTCCCACAAAATATATACAATA-3′。取500ng DNA样本使用试剂盒(EZ DNA Methylation kit,Zymo公司)进行重亚硫酸盐转换。处理后的DNA使用Sequenom MassARRAY时间飞行质谱阵列基因分析平台进行定量分析。先配置5μL体系进行PCR扩增,反应条件为:95℃ 4min; 95℃ 20s,58℃ 30s,72℃ 1min(45个循环);72℃ 3min。之后使用虾碱性磷酸酶(SAP)纯化PCR产物,条件为37℃ 20min,85℃ 5min。使用T切割转录酶进行碱基特异性酶切反应(MassCLEAVE),条件为37℃ 3h。最终产物转移至384孔板,加入清洁树脂进行脱盐处理并上机检测。用EpiTYPER软件进行峰值检测及甲基化水平定量计算。甲基化数值用百分数表示,DNMT3B的甲基化水平为21个位点的平均值。实验中设置阳性对照和阴性对照进行质控。

5. 统计分析方法:砷、铅、镉、镍金属浓度用中位值及四分位间距表示,基因甲基化水平用表示。采用Spearman等级相关法进行相关分析。对四种金属含量进行log对数转换,并采用多重线性回归模型调整混杂,分析四种重金属对DNMT3B甲基化水平的影响。混杂因素包括母亲分娩年龄、孕前BMI、文化程度、职业、围孕期叶酸补充情况、主动或被动吸烟暴露、胎儿孕周及胎儿性别。使用Stata 14.0 软件进行数据分析。双侧P<0.05为差异有统计学意义。

结 果

本研究共纳入173例无重大体表出生缺陷胎儿,均为汉族,男性和女性的比例分别为44.7%、55.3%,平均孕周为(39.8±3.0)周。接受问卷调查的母亲平均分娩年龄为(27.0±4.7)岁,孕前BMI为(23.0±3.6)kg/m2。113(65.3%)人文化程度为初中及以下。大部分人(77.3%)的职业为农民,89(53.0%)人为初产妇。其余孕期环境因素暴露特征见表1。

表1 母亲、胎儿基本人口学及孕期环境暴露因素特征
Table 1 Basic demographic characteristics and prenatal environmental exposure among mothers and infants

Characteristics∗ n(%)Age at delivery (mean±SD)27.0±4.7BMI (mean±SD)23.0±3.6Education level Junior school and lower113(65.3) High school and above60(34.7)Occupation Famer133(77.3) Other39(22.7)Han ethnicity173(100.0)Parity 189(53.0) ≥279(47.0)Folic acid supplementation Yes86(52.4) No78(47.6)Active or passive smoking Yes70(40.7) No102(59.3)Alcohol drinking Yes15(8.8) No156(91.2)Infant gender Male76(44.7) Female94(55.3)Gestational week (mean±SD)39.8±3.0

*The number for some variables data may not equal to total number due to missing value.

脐带组织中,砷、铅、镉、镍浓度的中位值及四分位间距分别为7.66(5.24~10.30) ng/g、23.91(16.74~44.29) ng/g、0.95(0.47~2.71) ng/g、21.42(15.61~32.2) ng/g。脐带血中DNMT3B基因平均甲基化水平为(7.38±2.66)%。Spearman等级相关法结果显示,镉与DNMT3B甲基化水平存在相关性(r=0.19, P=0.01),其余金属与DNMT3B甲基化水平无相关性(P>0.05)。4种重金属的浓度均为偏态分布,进行log对数转换,分别绘制散点图。详见图1。

图1 脐带中砷、铅、镉、镍金属含量与DNMT3B甲基化水平散点图
Figure 1 Correlation between concentrations of As, Pb, Cd and Ni in umbilical cord and DNMT3B methylation level

DNMT3B甲基化水平为因变量,各金属浓度的log转换值为自变量,调整混杂因素,进行多重线性回归分析。回归结果显示,脐带组织中镉含量对DNMT3B甲基化水平的影响有统计学意义(β=0.74, P=0.03)。其余金属对DNMT3B甲基化水平无显著影响(P>0.05)。详见表2。

表2 脐带中砷、铅、镉、镍金属对DNMT3B甲基化水平的影响
Table 2 Effect of umbilical cord As, Pb, Cd and Ni on DNMT3B methylation level

MetalsβSE95% CIArsenic 0.330.53-0.71, 1.37Lead 0.010.65-1.28, 1.30Cadmium 0.740.34 0.06, 1.42∗Nickel-0.650.75-2.13, 0.83

*P<0.05

多重线性回归模型中分别加入镉与砷、铅、镍金属两两配对的交互项,结果显示镉与砷、铅、镍金属对DNMT3B甲基化的影响均无显著交互作用(P>0.05)。详见表3。

表3 脐带中重金属交互作用对DNMT3B甲基化水平的影响
Table 3 Interaction effect among umbilical cord As, Pb, Cd and Ni on DNMT3B methylation level

MetalsβSE95% CICadmium×Arsenic-1.220.94-3.08, 1.86Cadmium×Lead-2.031.10-4.21, 0.15Cadmium×Nickel 0.361.30-2.20, 2.93

讨 论

本研究为横断面研究,以无重大体表出生缺陷的胎儿为研究对象,分析一般人群中重金属暴露对胎儿DNA甲基化水平的影响。结果显示,控制混杂因素后,脐带组织镉含量增加,会引起脐带血中DNMT3B甲基化水平升高。未发现镉与砷、铅或镍对DNMT3B甲基化水平的交互作用。

砷、铅、镉、镍是生产生活环境中普遍存在的污染物,可以通过多种途径进入人体,如呼吸系统、消化系统等,对人类健康造成了很多不良影响[1]。有研究报道,砷、铅、镉、镍可以通过胎盘屏障,形成宫内暴露,引起不良妊娠结局[2,3]。本研究检测了173例胎儿脐带组织中砷、铅、镉、镍的含量,其中,铅、镉含量的中位值分别为23.91 ng/g、0.95 ng/g,略低于日本的一项人群研究报道的39.9 ng/g、1.16 ng/g[15]。既往研究多采用脐带血清样本检测砷含量,一项在中国人群开展的大型队列研究(N=3474)报道脐带血清砷含量中位值为1.87 μg/L[16]。与脐带血相比,脐带组织是胎儿组织的一部分,更能反映胎儿的暴露情况。本研究首次使用脐带组织检测砷的中位值为7.66 ng/g。本研究也首次报道了脐带组织中镍的含量,其中位值为21.42 ng/g。

已有研究发现,母亲孕期砷、铅、镉、镍暴露会影响胎儿的DNA甲基化水平。本研究以DNMT3B基因为目的基因,检测甲基化水平并分析与重金属的关系。DNMT3B基因是DNA甲基转移酶(DNMT)家族的成员之一,其编码的蛋白酶在合成甲基化(de novo methylation)过程中起重要作用[17]。对169例居住在镉暴露区和100例非暴露区的泰国居民的尿镉浓度检测发现随着尿镉浓度增加,外周血DNMT3B甲基化的水平越高[14]。另一项对202名阿根廷妇女的研究发现低水平的尿镉暴露(0.23 μg/L)与外周血DNMT3B基因表达呈负相关[18]。以上研究提示镉暴露会影响DNMT3B甲基化及表达水平,但暴露测量均使用妊娠妇女尿液标本,不能反映胎儿生长发育过程中的真实暴露情况。本研究中,多重线性回归分析发现,控制混杂因素后,DNMT3B甲基化与脐带镉含量呈正相关,随着镉暴露水平的增加,DNMT3B甲基化水平升高,提示表观遗传改变可能是重金属致病的重要途径之一。

本研究还探讨了镉与砷、铅和镍金属之间的交互作用。结果显示,镉与其他三种金属对DNMT3B甲基化水平的影响均无统计学交互作用。目前有关金属交互作用的研究较少,一项母亲镉、砷暴露与后代先天性心脏病发病风险关联研究中发现,镉和砷对先天性心脏病发病风险存在交互作用[19]。然而,其相互作用的生物机制尚不清楚。

本研究的优势在于,相比以往研究,使用脐带组织测量胎儿发育过程中的重金属内暴露。使用脐带血测量DNA甲基化水平,DNA甲基化能作为一种生物标志物,可运用临床上异常状态的早期识别和诊断。

综上所述,本研究发现胎儿脐带组织重金属暴露可能会影响DNMT3B基因甲基化水平,为今后进一步探究重金属与疾病关联的作用机制提供依据。此外,胎盘对重金属缺乏有效屏障作用,为减少胎儿的宫内暴露剂量,应采取有效防护措施、开展合理的孕期健康教育,避免孕妇暴露于环境重金属污染。

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Effect of in utero exposure to metals on methylation level of DNMT3B gene

YANG Wenlei, NI Wenlei, TIAN Tian, YU Jinghui,JIN Lei, REN Aiguo, WANG Linlin. Institute of Reproductive and Child Health, National Health Commission Key Laboratory of Reproductive Health, Department of Epidemiology and Biostatistics, School of Public Health, Peking University Health Science Center, Beijing, China

[Abstract] Objective To investigate the relationship between concentration of heavy metals in umbilical cord and DNA methyltransferase gene (DNMT3B) methylation in cord blood. Methods This study was based on the case-control study conducted in Shanxi province, a total of 173 non-malformed infants were recruited in our analysis. Concentrations of arsenic (As), lead (Pb), cadmium (Cd) and nickel (Ni) in umbilical cord tissues were measured by inductively coupled plasma mass spectrometry (ICP-MS). The methylation level of DNMT3B gene in cord blood was determined by MassARRAY time-flight mass spectrometry array gene analysis platform. Multivariable liner regression models were used to analyze the effect of heavy metals on DNMT3B methylation status. Results The median (interquartile range) concentrations of As, Pb, Cd and Ni were 7.66 (5.24-10.30) ng/g, 23.91 (16.74-44.29) ng/g, 0.95 (0.47-2.71) ng/g and 21.42 (15.61-32.2) ng/g, respectively. The average methylation level of DNMT3B was (7.38±2.66)%. Multiple linear regression models showed Cd in umbilical cord have a significant effect on DNMT3B methylation level (β=0.74, P=0.03). No significant interaction was found between Cd and As, Pb or Ni on DNMT3B methylation level. Conclusion Umbilical cord heavy metals exposure may affect fetal methylation level of DNMT3B.

[Key words] Heavy metals; umbilical cord; methylation; DNMT3B

基金项目:国家自然科学基金(81773441,81472987);科技部重大专项资助 (2016YFC1000501)

作者单位:100191,北京大学生育健康研究所,国家卫生健康委员会生育健康重点实验室,北京大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系

通讯作者:王琳琳(linlinwang@bjmu.edu.cn)

(收稿日期:2019-01-28)